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기질(한자: 基質, 영어: substrate)은 효소와 반응하여 생성물을 형성하는 분자를 의미한다. 이를 화학식으로 정리하면 다음과 같다.

기질 + 효소 → 생성물 + 효소

예를 들어, 수크라아제라는 "효소"는 자신의 "기질"인 자당(설탕)을 가수분해 시켜 포도당과당의 "생성물"이 형성되는 것을 돕는다.

효소는 반응의 속도를 증가시키는 물질이다. 한 종류의 효소 분자는 분당 1000개의 기질과 반응할 수 있으며, 최대 분당 300만 개의 기질과 반응하기도 한다. 하나의 기질은 여러 종류의 반응을 통해 생성물을 형성할 수 있다. 반면에 한 종류의 효소는 한 가지의 반응만 이끌어 낼 수 있다.